A então Federação Portuguesa de Sports Atléticos foi fundada a 5 de novembro de 1921, mas o processo não foi simples e culminou cinco anos durante os quais a modalidade esteve praticamente inativa, segundo nota publicada no sítio da FPA.
Os clubes faziam torneios de captação de atletas, mas todos sentiam necessidade de criar um organismo que os representasse e dirigisse a modalidade.
No entanto, só a 23 de setembro de 1921, “nas salas do jornal A Capital” (conforme anúncio nos jornais, dois dias antes) e, depois, em mais reuniões no Ateneu Comercial de Lisboa, os clubes se reuniram. Elegeram primeiro uma comissão para que desse os passos necessários para a criação da Federação, formada por Salazar Carreira, Joaquim Oliveira e Sousa, Carlos Bazílio Oliveira e Armando Sá.
Finalmente, tendo como sócios fundadores o CIF, o Sporting CP, o SL Benfica, o Portugal FC, o FC Gaia e o Clube Escola Náutica do Porto, foi fundada a Federação Portuguesa de Sports Atléticos, a 5 de novembro de 1921, tendo o primeiro Congresso sido realizado a 26 de janeiro de 1923, mas a Comissão manteve-se em funções e só em 1926 foi eleita a nova direção, presidida por Fernando Caetano Pereira, tendo Francisco Nobre Guedes como presidente do Congresso.
Em 1929, conforme se regista no Governo Civil de Lisboa, adota-se a denominação que tem até hoje: Federação Portuguesa de Atletismo.
As diferentes direções da FPSA e depois FPA reuniam-se quando e onde era possível e nos anos 30 e 40 ainda chegaram a ser utilizadas para o efeito as salas da Associação de Futebol de Lisboa e da Federação Portuguesa de Futebol, a quem chegou a pagar 50 escudos por mês para ali ter armazenada a correspondência e demais documentação. A FPA encontrou uma casa mais definitiva a partir de 1951, na Praça da Alegria, em Lisboa.
A atual sede, em Linda-a-Velha, foi inaugurada em 1996, sucedendo-se a estadias também longas na Rua do Arco do Cego e Avenida Infante Santo.
